Juan Antonio fue nombrado Fiscal en junio de 1991 prestando sus servicios como Fiscal en el Tribunal Superior de Justicia de Cataluña desde su nombramiento hasta 1993, encargado de los casos bajo jurisdicción de TSJ de Cataluña, miembro del servicio especializado contra el tráfico ilícito de sustancias estupefacientes.

Desde 1993 hasta 1994 fue Fiscal del Tribunal Superior de Justicia de la Comunidad Valencia, especializado en casos ambientales, riesgos laborales y accidentes, y jurisdicción de menores.

En 2004 fue nombrado Fiscal de la Audiencia Nacional, durante estos años ha sido el punto de contacto de IberRed ( Red Iberoamericana para cooperación Judicial), así como de Red Judicial Europea ( European Network Judicial),fiscal coordinador de los procedimientos de extradición y de órdenes europeas de detención y entrega, ha participado en numerosos procedimientos relativos a delitos económicos, delitos contra la hacienda pública, fraudes relativos a sustancias farmacéuticas, administración.